Terselip di pegunungan dekat Sekolah Menengah Kunugigaoka elit terletak sebuah bangunan kecil terlantar yang menampung kenakalan dan putus sekolah dari Kelas 3-E. Dipandang rendah oleh rekan -rekan mereka, para siswa di kelas ini tampaknya memiliki sedikit harapan dalam memajukan karier akademik mereka. Begitulah, sampai pemerintah nasional tugas mereka dengan menghilangkan ancaman terbesar bagi planet mereka: guru baru mereka.
Setelah menghancurkan Bulan, profesor seperti gurita-meraih “Koro-sensei”-sekarang telah mengancam akan menghancurkan Bumi pada bulan Maret tahun berikutnya. Mengingat misi mereka, para siswa telah menemukan bahwa membunuhnya lebih mudah diucapkan daripada dilakukan. Koro-sensei tidak hanya bisa bergerak dengan kecepatan hingga Mach 20, tetapi dia juga bisa menahan hampir setiap senjata duniawi. Ironisnya, ia juga terbukti menjadi salah satu guru terbaik kelas 3-E. Melatih kelas untuk unggul dalam studi mereka sebagai siswa dan keterampilan sebagai pembunuh, Koro-sensei yakin bahwa kecerdikan dan kehendak mula-mula murid-muridnya dapat mengembalikan mereka ke kampus utama.
Melalui coba-coba, Nagisa Shiota, serta siswa lain dari Kelas 3-E, harus mengetahui kelemahan Koro-Sensei-dan cepat, karena nasib dunia tergantung padanya.
[Ditulis oleh Mal REWRITE]