Kembali dari liburan musim panas mereka, para siswa Kelas 3-E di Sekolah Menengah Kunugigaoka yang bergengsi menemukan diri mereka menentang peluang yang tak terkalahkan. Dihadapkan dengan kemungkinan pemusnahan dunia, para siswa harus menghasilkan cara-cara yang semakin rumit dan kreatif untuk membunuh guru mereka, Koro-sensei yang licik namun optimis dan membantu.
Namun, menghilangkan Koro-sensei bukan satu-satunya tujuan yang perlu dikhawatirkan siswa. Gakuhou Asano, prinsipal akademi yang tanpa ampun dan kejam, berupaya mencegah keberhasilan Kelas 3-E dengan mencuci otak murid-murid pekerja keras lainnya ke dalam mesin belajar yang kompetitif dengan kejam. Permusuhan mulai berlama-lama di udara ketika pengkhianat dan pembunuh sama-sama berusaha untuk mengklaim hadiah di kepala Koro-Sensei untuk diri mereka sendiri.
Nagisa Shiota, salah satu pembunuh kelas 3-E yang paling terampil, menemukan dirinya di tengah-tengah konflik. Sementara ia bekerja untuk mempertahankan kedudukan akademisnya dan mencegah akhir dunia, urusan domestik membahayakan tempatnya di Kelas 3-E. Bersama dengan teman sekelasnya yang berdedikasi, dia sekarang harus menghadapi ancaman secara langsung.
[Ditulis oleh Mal REWRITE]