Setelah Makoto Naegi dan rekan -rekannya yang selamat dari Hope’s Peak Academy ke World Beyond, mereka segera bergabung dengan Future Foundation, sebuah organisasi yang didedikasikan untuk memerangi keputusasaan. Tepat ketika semua tampaknya melihat ke atas, Naegi ditangkap dan dicoba karena pengkhianatan karena membela sekelompok sisa keputusasaan. Berdiri di hadapan semua eksekutif Future Foundation, ia menemukan dirinya, bersama dengan Kyouko Kirigiri dan Aoi Asahina, menghadapi nasib yang tidak diketahui.
Masalah yang ada hanya meningkat ketika keamanan organisasi yang seharusnya tidak dapat ditembus diretas oleh wajah yang akrab: Monokuma. Horor Naegi, beruang mekanis segera mengumumkan awal dari permainan pembunuhan baru, sebagai beberapa saat kemudian, korban pertama muncul sebagai sinyal keputusasaan untuk melanjutkan penaklukan brutalnya.
Naegi, siswa yang beruntung di sekolah menengah atas, harus sekali lagi mengungkap misteri itu ketika rekan-rekan dan teman-temannya mulai jatuh di sekelilingnya. Namun, tidak ada lagi uji coba kelas; Di antara 16 peserta yang putus asa, hanya ada satu pembunuh – dan kematian mereka berarti akhir dari permainan infernal ini.
[Ditulis oleh Mal REWRITE]